分離行列ファイルのディレクトリ構造は下記のようになっている。なお、 / で終わる名前はディレクトリを表す。
transferFunction/ --- whatisthis.txt |- microphone.xml |- source.xml |- localization/ --- (empty) |- separation/ --- tf00000.mat |- tf00001.mat ...
ルートディレクトリは (この場合伝達関数ではないが) transferFunction である。 まず、ファイルの種類を表す whatisthis.txt があり、内容は separation matrix である。 また、分離行列に対応するマイク位置を表す microphone.xml と、 分離行列計算時の音源定位結果を表す source.xml がある。
separation/ ディレクトリ以下に、分離行列(マイク数 $\times $ 周波数ビン数のサイズの複素数行列)が保存される。 分離用伝達関数は separation/ ディレクトリ以下に保存され、そのファイル名は対応する音源の ID に対応している。 ファイルの命名規則はフォーマット文字列で使用する tf%05d.mat の形式になる。 つまり、分離行列ファイルの名前は、 source.xml 内の id に対応する数字を 5 桁で表した文字列 (0 詰め) となる。 なお、localization/ は常に空ディレクトリである。